腰和命门是两个完全不同的概念。腰是以腰椎和腰肌为主体，包括其内脏如两侧肾脏的一个解剖部位，是人体的重心。而命门是中医学的生理学名词，代表一个穴位，也代表一侧肾——中国古代著名经典著作《难经》有“左者为肾，右者为命门”的说法。后世的医家则认为命门在两肾之间，表现为肾间动气，称为命门之火，实质上说它是一种生命功能，而并非实质的生理组织。
过去的人对太极拳运动时腰的作用是肯定的。如《十三势行功心解》有： “腰为纛”， “腰为车轴”，“主宰于腰”，又有“发劲要有根源，劲起于脚跟，主于腰间，发于脊背”， “紧要全在胸中腰间运化，不在外面”的说法。《总势歌》也强调： “命意源头在腰隙”，“刻刻留心在腰间”等等。可见腰是运动的主帅，它受命于意识而带领四肢运动。
有人提出打太极拳时：命门穴为原动力。这是值得商榷的。命门穴在第二腰椎棘突下，即脐上约6厘米中脘穴这个水平（不是前对脐）。并且，命门穴只是一处孔穴，是一点，它绝不能凭空产生爆发力。我们知道，力的产生乃由于肌肉的收缩，没有肌肉这物质基础，人的力量就没有来源。内劲的发生，虽然意识在丹田，但实质上还是产生于肌肉。前人经验总结明确指出太极拳运动主宰于腰，如果一定要把腰说成是腰脊的命门穴，那就太过于牵强，是一种臆测。
